Protokoloaren xedea Nafarroako Foru Komunitatearen eta Euskal Autonomia Erkidegoaren arteko elkarlana sustatzea da, bien arteko lankidetza ekimenak ezagutuz eta sustatuz, tartean Akitania Berria-EAE-Nafarroa euroeskualdearen barnean garatzen direnak, bai eta POCTEFA eta INTERREG mugaz gaindiko proiektuetan eta Europar Batasuneko eta nazioarteko beste zenbait programatan ere.
Hitzartutako dokumentuan lankidetzako arlo berriak sartu dira, eta dagoeneko existitzen ziren zenbait neurri osagarrirekin eguneratu dira. Guztien artean, kanpo ekintzako jardueretan eskualdeen arteko lankidetza bultzatzeko ekimenak nabarmentzen dira, bai eta nazioz gaindiko ekimenak ere, bereziki eremu europarrekoak.
Hitzarmenari esker, Nafarroak eta Euskadik proiektu estrategikoak sustatzen jarraituko dute elkarrekin Akitania Berria-EAE-Nafarroa euroeskualdearen, Pirinioetako Lan Elkartearen eta Mendebaldeko Area Funtzionalaren (AFOMEF) barnean, POCTEFA programaren bitartez. Horrez gain, Nafarroak eta Euskadik europar elkarlanerako espazio berriak sustatuko dituzte Eskualde Periferikoen eta Itsas Eskualdeen Konferentzian eta eskualde industrializatuen Vanguard sarean, berrikuntzako eta ikerketako ERRIN sarean eta garapeneko agentzien EURADA sarean.
