El objeto del protocolo es promover la colaboración bilateral entre la Comunidad Foral de Navarra y la Comunidad Autónoma de Euskadi, conocer el conjunto de las iniciativas de cooperación e impulsar las líneas de colaboración, incluida la actividad desarrollada en el seno de la Eurorregión, Nueva-Aquitania, Euskadi, Navarra, así como en los proyectos transfronterizos POCTEFA e INTERREG y en otros programas de la Unión Europea o de la esfera internacional.
En el documento suscrito se han introducido nuevas áreas de colaboración y se han actualizado otras ya existentes con nuevas medidas, entre las que destacan la colaboración en materia de acción exterior para el impulso de la cooperación interregional e iniciativas conjuntas a nivel supranacional, especialmente en el ámbito europeo.
De este modo, Navarra y Euskadi continuarán impulsando proyectos estratégicos en el seno de la AECT Eurorregión Nueva-Aquitania, Euskadi, Navarra; en la Comunidad de Trabajo de los Pirineos (CTP); y en el Área Funcional Oeste (AFOMEF) a través del programa POCTEFA. Junto con ello, ambas instituciones impulsarán nuevos espacios de colaboración a nivel europeo en la Conferencia de Regiones Periféricas y Marítimas (CRPM) y las redes Vanguard (regiones industrializadas), ERRIN (de investigación e innovación) o EURADA (agencias de desarrollo).
